[Tuto] Zot’Hero #5 : Insérer des bibliographies BibTeX dans Rmarkdown avec Zotero

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Le saviez-vous ?
Votre logiciel de référencement bibliographique Zotero vous permet de générer des fichiers BibTeX pour créer des bibliographies dans Rmarkdown !

Créer un fichier BibTeX avec Zotero

Utilisez le logiciel Zotero pour enregistrer et compléter les références bibliographiques des ressources que vous avez consultées et que vous souhaitez citer dans votre document Rmarkdown.

Vérifiez que chaque référence est bien complète : toutes les métadonnées obligatoires (titre, auteur, date…) doivent être renseignées dans Zotero.

Sélectionnez les références choisies, la collection ou la bibliothèque Zotero pour lesquelles vous souhaitez faire un export. Faites un clic droit sur l’élément choisi puis cliquez sur Exporter le document/la collection. Choisissez le format BibTeX et l’encodage Unicode UTF-8.

Comprendre le contenu d’un fichier BibTeX

Ce fichier est conçu pour être lu par un logiciel. Il est cependant très simple à comprendre car il suit la même logique que votre bibliothèque Zotero : chaque document est décrit par différentes métadonnées présentes dans des champs spécifiques (auteur, éditeur, date…) qui varient selon le type du document.

Dans un fichier BibTeX, la référence d’un livre commence ainsi par @book, celle d’un article de revue par @article, celle d’une thèse de doctorat par @phdthesis, etc. Il existe au total 14 types de documents.

Lors de l’export de références depuis votre bibliothèque Zotero, une clé d’identification BibTeX est créée pour chaque document. C’est cette clé unique qui sera appelée dans votre document Rmardown pour insérer un appel de citation dans le texte.

Exemple de référence d’un livre au format BibTeX :

@book{sverdrup-thygeson_insectes_2019,
    address = {Paris},
    title = {Insectes, un monde secret: sans eux nous ne pourrions pas vivre},
    isbn = {978-2-08-145226-8},
    language = {French},
    publisher = {Arthaud},
    author = {Sverdrup-Thygeson, Anne and Hervieu, Hélène and Ythier, Marc},
    year = {2019}
}

La clé BibTeX pour ce document est {sverdrup-thygeson_insectes_2019}.

Rassembler vos fichiers de travail : Rmd + BibTeX + CSL

Déposez dans le même espace de stockage que votre fichier Rmarkdown :

  • le fichier BibTeX contenant les références bibliographiques (par exemple : ExerciceZotero.bib) qui sera appelé pour générer la bibliographie. Seules les références présentes dans ce fichier peuvent être introduites dans le fichier Rmarkdown. Les fichiers de références bibliographiques peuvent être au format .bib, .bibtex, .copac, .enl, .json, .medline, .mods, .ris, .wos, and .xml.
  • le fichier CSL de style bibliographique (par exemple : iso690-author-date-fr-no-abstract.csl) qui conditionnera la mise en forme de la bibliographie.

Paramétrer votre fichier Rmarkdown

Avant toute chose, indiquez dans les métadonnées de l’en-tête YAML header de votre fichier Rmarkdown (.Rmd) le nom exact du fichier de références bibliographiques (.bib) et de style bibliographique (.csl) utilisés.

---
title: "Exercice corrigé Zotero"
output: html_document
bibliography: ExerciceZotero.bib
csl: iso690-author-date-fr-no-abstract.csl
---

Insérer des appels de citation

Insérez les appels de citation dans le texte du document Rmarkdown en respectant la syntaxe BibTeX suivante : l’appel de citation est placé entre crochets [ ] et la référence est appelée par sa clé d’identification BibTeX avec un @.

Exemples

Dans le fichier BibTeX, on dispose d’une référence de livre, dont la clé d’identification BibTeX est {sverdrup-thygeson_insectes_2019}.

  • Placez l’appel de citation complet en fin de phrase ou après une citation entre guillemets en insérant entre crochets la clé d’identification BibTeX après le signe @.

Le fichier .Rmd affiche : “… nous permettant d’en arriver à cette conclusion [@sverdrup-thygeson_insectes_2019].”

Le document produit affiche : “… nous permettant d’en arriver à cette conclusion (Sverdrup-Thygeson et al., 2019).”

  • Intégrez un appel de citation ne comportant que la date si le nom de l’auteur apparaît déjà dans la phrase en utilisant le signe .

Le fichier .Rmd affiche : “Selon Anne Sverdrup-Thygesonet ses collègues[-@sverdrup-thygeson_insectes_2019], il est notable que…”.

Le document produit affiche : “Selon Anne Sverdrup-Thygesonet ses collègues (2019), il est notable que…”.

  • Intégrez l’appel de citation complet sans parenthèse directement dans la phrase en ôtant les crochets.

Le fichier .Rmd affiche : “Comme l’expliquent @sverdrup-thygeson_insectes_2019 dans leur ouvrage…”.

Le document produit affiche : “Comme l’expliquent Sverdrup-Thygeson et al. (2019) dans leur ouvrage…”.

  • Intégrez deux sources dans un même appel de citation en utilisant un point virgule (;) entre les deux clés d’identification BibTeX.

Le fichier .Rmd affiche : “… comme l’indiquent plusieurs études [@sverdrup-thygeson_insectes_2019 ; @porcher_bergers_2012].”

Le document produit affiche : “… comme l’indiquent plusieurs études (Sverdrup-Thygeson et al., 2019 ; Porcher, Lécrivain, 2012).”

Générer la bibliographie

Lancez enfin le calcul du document avec KnitR pour générer votre document HTML, PDF, Word, etc.

La bibliographie est automatiquement ajoutée à la fin du document. Elle est mise en forme selon le style bibliographique fourni dans le fichier CSL.

Pensez à ajouter un titre correspondant en fin de fichier Rmarkdown, par exemple # Références ou # Bibliographie.

Dans notre exemple, la bibliographie finale aura la forme suivante :

PORCHER, Jocelyne et LÉCRIVAIN, Élisabeth, 2012. Bergers, chiens, brebis : un collectif de travail naturel ? In : Études rurales [en ligne]. juillet 2012. n° 189, p. 121‑137. [Consulté le 27 avril 2020]. DOI 10.4000/etudesrurales.9615. Disponible à l’adresse : http://journals.openedition.org/etudesrurales/9615.

SVERDRUP-THYGESON, Anne, HERVIEU, Hélène et YTHIER, Marc, 2019. Insectes, un monde secret: sans eux nous ne pourrions pas vivre. Paris : Arthaud. ISBN 978-2-08-145226-8.

Sources

GROLIMUND, Raphaël, 2017. Zotero et LaTeX. In : Le blog Zotero francophone [en ligne]. 2 novembre 2017. [Consulté le 4 mai 2020]. Disponible à l’adresse : https://zotero.hypotheses.org/762.

PATASHNIK, Oren, 1988. BIBTEXing. In : BibTeXML [en ligne]. 8 février 1988. [Consulté le 4 mai 2020]. Disponible à l’adresse : http://bibtexml.sourceforge.net/btxdoc.pdf.

R STUDIO, 2020. Bibliographies and Citations. In : R Markdown from R Studio [en ligne]. 2020. [Consulté le 4 mai 2020]. Disponible à l’adresse : https://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html.

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